# 项目进展
截止 2019 年 4 月 30 日,共 10 个注册的正式实践项目团队(未包含写作资源协作项目):
- wiki-x:openbiox 知识库沉淀
- ak47:疾病相关数据库整合收集、可视化网页应用开发
- playcloud:学习型项目,提高网页服务开发和运维能力
- dnaChat:维护 openbiox 的宣传渠道
- xenashiny:R Shiny 应用项目
- Cookbook4r:openbiox 第一个翻译项目
- Encode Challenge:竞赛项目
- TCGA Tool Kit:TCGA 相关文献工具的分类整理
- scRNA–seq OnlineFlow:单细胞数据分析和分析平台开发
- Rvisualization:R 语言可视化相关
同时也包括一些由小组成员负责并自由开展的项目:
- openbiox-gists:分类整理收集生物信息学相关的代码片段
- openbiox-forum:openbiox 官方论坛
- Bioinformatics-Resources:收集一些生物信息学工具和学习资源
- CheckOverlap:检查一个 SNP 位点是否包含在一段基因序列中
- bioshiny:基于 TOML 格式插件开发 Shiny 分析应用
- bioinformatics-100-days:用 100 天的空余时间提高生物信息学数据分析技能
- golang-100-days:用 100 天的时间学习和练习 Golang(为了云应用后台服务开发)
# 2019 年
# wiki-x
- 完成 Github 项目,team 构建,人员招纳(8人),开发计划制定
- 维护 wiki 文档,并使用 Vuepress 构建在线访问站点
- 完成 主页 上线访问(基于Vue.js, Vuetify.js)
# ak47
- 完成 Github 项目,team 构建,人员招纳(5人),开发计划制定
- 目前已收集 774.76 GB 数据库资源(按照 expression,variants,metablism,image 进行分类)
- 前端 UI 和后台服务开发
# playcloud
- 完成 Github 项目,team 构建,人员招纳(13人),开发计划制定
- 项目资源库:https://github.com/openbiox/openbiox-forum/issues/2
- 完成第一部分学习主题和任务解决:Linux 系统和 Shell 编程。发布一篇知乎文章:https://zhuanlan.zhihu.com/p/62543626
- 正在进行 Web 开发基础部分学习和练习:https://github.com/openbiox/playcloud/issues/4
# dnaChat
- 完成 Github 项目,team 构建,人员招纳(4人),开发计划制定,各成员都有较为丰富的公众号运营经验
- 目前该项目已经发布了五篇内容:一篇是关于 openbiox 本身介绍的内容;一篇是成员投稿,关于 XenaTools 的详细介绍;一篇是关于"每周一问"的问答整理;另一篇是 playcloud 项目上 Linux 基础操作和 shell 编程基础的问答内容。同时转发了一篇 Git 使用的文章
# xenashiny
- 完成 Github 项目,team 构建,人员招纳(6人),开发计划制定
- shiny开发主题的讨论与确定,开发内容的分割与任务化
- 基本完成Xena API函数的构建,方便根据开发的功能检索和下载数据
- 完成Shiny框架的构建,基本完成了 Home 页面和 Repository 页面的编写
- 目前开发结构已经由一开始的单文件模式转成了 R 包开发模式,这有利于后续分析模块函数的编写和复用
# Cookbook4r
- 完成 Github 项目,team 构建,人员招纳(8人),开发计划制定
- 目前已经完成翻译、整合,正在进行内容的校对
- 现在已经通过 GitHub 发布了可以阅读的网站版本 https://openbiox.github.io/Cookbook-for-R-Chinese/
# Encode Challenge
- 完成 Github 项目,team 构建,人员招纳(9人),开发计划制定
# TCGA Tool Kit
- 完成 Github 项目,team 构建,人员招纳(9人),开发计划制定
- TCGA 工具箱的项目旨在收集 TCGA 文章中的工具,并分类,出教程
- 汇总目前收到的情况,可能有将近几百个工具需要分类和出教程,之后要对工具进行分级,优先选出常用的工具出教程
# scRNA–seq OnlineFlow
- 完成 Github 项目,team 构建,人员招纳(10人),开发计划制定
- 第一阶段任务算法部分用Julia语言编写,团队成员均不熟悉,还处于学习阶段
- 目前第一批算法编写将在4月底完毕,届时会给每位成员评分
- 首批算法编写涉及到新语言学习过程,因此需要较长时间,后续任务进度将会加快
# Rvisualization
- 完成 Github 项目构建,人员招纳(11人),开发计划制定
- 建立了素材收集的库
- 同时在进行文献解读分析的栏目